A solução é guardar estes backups em uma outra pasta do computador e colar na pasta original da Apple quando necessitar. O iTunes armazena os backups nos seguintes locais:
No Mac: ~/Biblioteca/Application Support/MobileSync/Backup/No Windows XP: \Documents and Settings\(nome do usuário)\Dados de Aplicativos\Apple Computer\MobileSync\Backup\No Windows Vista e Windows 7: \Usuários\(nome do usuário)\AppData\Roaming\Apple Computer\MobileSync\Backup\
Para encontrar a pasta AppData, é necessário configurar o Windows para mostrar arquivos ocultos : painel de controle>aparência e personalização>opções de pastas>modo de exibição>mostrar arquivos, pastas e unidades ocultas.
Já as músicas e vídeos (arquivos de mídia) ficam armazenados em:
Microsoft Windows XP
\Documents and Settings\nomedeusuário\Meus documentos\Minhas músicas\iTunes\Microsoft Windows Vista e 7\Documents and Settings\nomedeusuário\Minhas músicas\iTunes
Então, se você for formatar seu computador, basta copiar essa pasta e guardá-la em uma outra partição do disco rígido. Após a instalação do iTunes, cole-a na pasta original.
Para entender melhor a biblioteca do iTunes, backups e recuperações do iPhone, acesse: